团队负责人：王芳
个人简介：
王芳，女，博士毕业于澳门大学生物医学专业，硕士毕业于南开大学微生物学专业。2021年9月加入深圳大学第一附属医院｜深圳市医学转化研究院，担任研究员，组建并担任深圳市微生物基因组修饰编辑与应用重点实验室副主任。2026年1月加入海南大学生命健康学院，担任团队负责人，组建“病原微生物基因转录调控”研究团队。
团队主要研究方向为病原微生物的致病机制与生理特性。相关成果以第一作者（含共同）或通讯作者（含共同）身份发表于 Nature Microbiology（封面文章）、PLoS Genetics、Clinical Microbiology Reviews（封面文章）、Virulence、The Innovation Medicine等期刊。研究工作系统揭示了致病真菌异质性的内在调控机制及其对病原菌生存适应的影响，为临床应对个体化差异的病原菌感染提供了理论依据。
主持国家自然科学基金面上项目、青年科学基金项目，并作为子课题负责人参与国家重点研发计划；主持深圳市医学科学院医学研究专项、深圳市科技创新局青年项目等。团队聚焦于病原细菌和真菌的基础与应用研究，现诚邀微生物、免疫学及相关领域的优秀人才加入课题组，欢迎有志学子报考硕士、博士研究生。
团队介绍：
我们团队聚焦于病原微生物的致病分子机制研究，以及病原微生物与宿主的互作过程。2026年1月在海南大学生命科学学院开始组建“病原微生物基因转录调控”团队，通过运用针对细菌和真菌搭建的微生物分子遗传和实时基因表达监测等组学与分子生物学研究平台和手段，包括ChIP-Seq, Ribo-seq等，开展病原真菌和细菌的致病、耐药等分子机制探究，解析病原微生物致病机制和与宿主互作机理等生物学过程。
主要研究方向：
1. 应用多组学方法探究病原真菌与细菌的致病机制
应用基因组学、比较基因组学和转录组学，结合生物信息学分析和分子生物学实验手段，开展关于烟曲霉（Aspergillus）、白色念珠菌（Candida）、马尔尼菲篮状菌（Talaromyces）等常见临床致病真菌的致病机制和调控机理研究。同时，致病细菌和真菌的共感染事件在临床病人中层出不穷，应用多组学方法，体内、体外了解致病细菌和真菌间的相互影响、以及两类病原微生物与所侵染宿主的相互作用，可以为临床诊断和治疗提供理论基础和潜在给药靶点。
2. 曲霉菌生殖细胞性能研究
一直以来曲霉菌无性分生孢子自产生后便被认为进入无代谢或低代谢活性的休眠状态，直至我们发现分生孢子在进行主动基因转录活性，打破了人们对分生孢子的传统认知。那么分生孢子的基因转录活性是如何调控的？合成的高含量mRNA是如何在分生孢子内或孢子萌发中被选择性翻译调控的？曲霉菌的有性生殖细胞子囊孢子又是如何调控的？利用针对曲霉搭建的研究平台和手段，包括ChIP-Seq, RNA-seq，Ribo-seq以及DNA-pull down等，对曲霉菌无性分生孢子和子囊孢子开展转录和翻译调控研究，不仅对工农业生产（如灵芝孢子种植中如何产高活性孢子、真菌菌肥中如何保持孢子长期休眠但不影响其施肥后发芽活性），对临床曲霉菌感染治疗都具有重要意义。
近五年主要研究成果：
1. Fang Wang, Pooja Sethiya, Xiaohui Hu, Shuhui Guo, Yingying Chen, Ang Li, Kaeling Tan, Koon Ho Wong*. Transcription in fungal conidia before dormancy produces phenotypically variable conidia that maximize survival in different environments. Nature Microbiology. 2021 Aug;6(8):1066-1081（IF5Y=21.0）
（独立第一作者，封面文章，F1000推荐，Nature Microbiology杂志亮点评论）
2. Fang Wang, Runhua Han, Shi Chen*. An Overlooked and Underrated Endemic Mycosis—Talaromycosis and the Pathogenic Fungus Talaromyces marneffei. Clinical Microbiology Reviews. 2023 Mar; 23;36(1): e0005122. （IF5Y=33.8）
（独立第一作者，封面文章，2023年度、2024年度上高被引论文）
3. Ana Cristina Colabardini#, Fang Wang#*, Zhengqiang Miao#, Lakhansing Pardeshi, Clara Valero, Patrícia Alves de Castro, Daniel Yuri Akiyama, Kaeling Tan, Luisa Czamanski Nora, Rafael Silva-Rocha, Marina Marcet-Houben, Toni Gabaldón, Taicia Fill, Koon Ho Wong*, and Gustavo H. Goldman*. Chromatin profiling reveals heterogeneity in clinical isolates of the human pathogen Aspergillus fumigatus. PLoS Genetics. 2022 Jan 10;18(1):e1010001.
（IF5Y=4.9）（共同第一作者（第2），共同通讯作者）
4. Fang Wang#, Hongmin Sun#, Chenbo Kang, Jun Yan, Jingnan Chen, Xuequan Feng*, and Bin Yang*. Genomic island-encoded regulatory proteins in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7. Virulence. 2024 Dec;15(1):2313407.（IF5Y=5.4）（共同第一作者（第1））
5. Fang Wang#*, Runhua Han#, Shi Chen#. Initiatives and approaches for antifungal research. The Innovation Medicine. 2025（共同第一作者（第1），独立通讯作者）
在研科研项目：
1. 王芳，曲霉菌分生孢子内未知400 nt RNA的功能及调控蛋白翻译的作用机制研究，国家自然科学基金面上项目，2025.01-2028.12，65万元，项目编号：32470021
2. 王芳，水环境污染修复的合成微生物体系设计与构建，国家重点研发项目子课题，2022.11-2027，34.1万元，项目编号：2022YFA 0912500
代表性成果介绍：
1、揭示曲霉菌分生孢子异质性分子机制（Nature Microbiology）
通过测定实时基因转录对烟曲霉等多种曲霉菌的分生孢子开展深入研究，我们发现经典的分生孢子形成后并非直接进入休眠，而是在主动合成mRNA、rRNA和tRNA。进一步发现真菌分生孢子内存在大量“主动 ”响应环境的基因转录活性，并揭示了孢子产生后进入休眠的可能触动信号。该成果一方面打破了真菌领域分生孢子概念的传统认知，对分生孢子休眠的经典概念进行了重新定义。另一方面，申请人进一步阐明了分生孢子基因转录后调控来选择性翻译快速适应其 发芽后面临的不同生长环境，如高温环境培养的分生孢子可助力其发芽后快速表 达热激蛋白等来适应高温环境(图1)。该发现阐明了分生孢子“赢在起跑线”的分子机制，真菌孢子在进入休眠前因地制宜形成异质性孢子，从而在侵染宿主或生长后期具备不同的毒素生产能力或环境适应性，来高效、低耗能、快速地适应 其未来所飘至的生长环境。
图1. 曲霉菌分生孢子异质性和对未来生存的决定性作用
2、解析烟曲霉基因组不稳定性调控机理（PLoS Genetics）
通过对烟曲霉不同分离株——Af293和CEA17展开基因组、表观遗传修饰、下游毒素分泌、毒力等分析比较，发现两者具有98%基因组的相似性，但其毒素分泌、毒力因子表达以及引起机体免疫应答等性能却高度异质；两分离株中常染色质组蛋白修饰标记H3K4me3高度一致，但异染色质组蛋白修饰标记H3K9me3却显著不同。比较H3K9me3差异发现，相比于CEA17，Af293分离株中高密度存在与基因突变、DNA断裂紧密相关的 RNA型LINE转座子。进一步申请人证实该转座子的分布差异可引起Af293和 CEA17的基因组稳定性不同;利用NCBI已发表的大量RNA-Seq数据，申请人发 现该染色体片段丢失位点高频存在于Af293烟曲霉分离株中，即易丢失热点，但CEA17的基因组呈现稳定性。有趣的是，申请人在实验室分离出一株Af293染色体大片段(320 kb)丢失菌株，证实其毒力显著提高(图2)。
图2. 烟曲霉菌基因组不稳定性引起的菌株大片段染色体丢失进化
3、系统总结和阐述真菌毒力与宿主相关作用（Clinical Microbiology Reviews）
通过建立研究方法体系、解析环境对病原真菌分生孢子色素形成的影响，系统阐述病原真菌的致病机制研究进展和其与宿主的相互作用，强调了真菌感染形势的严峻性和对其感染机制剖析的迫切性。我们对曲霉菌马尔尼菲篮状菌的日后研究方向及分生孢子的重要性进行展望，系统总结和探讨目前病原真菌感染的研究进展和真菌应答环境刺激的调控方式，以及真菌分生孢子侵染宿主时的信号响应和宿主免疫反应，对日后的研究方向和研究方案提出了展望（图3）。
图3. 马尔尼菲篮状菌致病机制及与宿主互作
